Os primórdios da formação social e urbana de São Francisco estão relacionados com o desbravamento dos sertões paraibanos, nas ribeiras do rio Piranhas e do rio do Peixe.

O primeiro documento da sua história é de 17 de outubro de 1719, pela doação de uma sesmaria a Custódio de Oliveira e Figueiredo e a Fructuoso Dias da Silva, na Serra do Xobocon. Esse nome é de origem indígena, da língua travada dos Tapuias que habitavam o lugar. Existe uma lenda sem nenhum fundamento de que Xobocon foi um índio que ficou famoso por causa de horrenda cicatriz que tinha da face, originária de luta desigual travada com uma fera. Com o passar do tempo, a palavra Xobocon modificou-se para Chabocão, nome do riacho perto da antiga povoação do Sotero.

São Francisco começou a existir em torno de uma capela que foi erigida em louvor ao Sagrado Coração de Jesus. O templo foi construído num terreno doado por Francisco das Chagas Andrade. A primeira missa, ao que consta, foi celebrada no ano de 1923. Em fevereiro de 1926, o povoado do Sotero, já conhecido como São Francisco, foi tomado pela Coluna Prestes. Aconteceram algumas violências.

Os revoltosos expropriaram as montarias que puderam ajuntar nos sítios do lugar. Não houve mortes. Milicianos de um batalhão patriótico, originários de Juazeiro do Norte, vindos em perseguição aos revoltosos, mataram o surdo-mudo Manoel Tomás. Ainda hoje, os habitantes de São Francisco observam uma cruz onde o surdo-mudo tombou crivado de balas, na estrada do Sítio Ramada. São Francisco cresceu em torno de uma feira semanal da farinha de mandioca, rapadura e carnes, que existia em frente a capela do Sagrado Coração de Jesus.